Allerede fra Frederik besteg tronen, hadde han planer om å erobre Sverige og å gjenopprette en nordisk union. Sommeren 1559 deltok han sammen med sine slektninger i Slesvig-Holstein i et felttog mot Ditmarsken uten å rådføre seg med riksrådet. Ditmarsken ble beseiret og innlemmet i hertugdømmene. Året etter døde Gustav Vasa, og sønnen Erik XIV overtok den svenske tronen. Erik og Frederik forkastet sine fedres fredspolitikk og satte igang med en tvekamp der alle midler ble tatt i bruk. Begge to var på jakt etter en årsak til å starte krig mot den andre. Krigen startet i 1563 og varte til 1570. Krigens meningsløse omkostninger skapte misnøye i adelen, og riksrådet med kongens kansler Johan Friis i spissen var imot syvårskrigen fra første stund. Den finansielle krisen tvang Frederik til å forsone seg med Peder Oxe, et finansgeni som var forvist fra landet. Peder Oxe og Johan Friis klarte å lose landet gjennom den finansielle krisen, og arbeidet for å få i stand fred ble gjenopptatt. Selv om Frederik hadde motforestillinger mot fredsforhandlingene, ble fredstraktaten med Sverige underskrevet.

Fra nå av ble det de rike adelsmennene som hadde den egentlige maktstillingen i Danmark-Norge. Danmarks økonomi, næringsliv og kultur blomstret i disse årene. Frederik konsentrerte seg mest om byggingen av renessanseslottene Kronborg og Fredriksborg og om jakt og drikkelag. På grunn av den gode utviklingen i samfunnet ble Frederik en populær monark de siste årene av sin regjeringstid. Han døde i 1588, 54 år gammel. Da var sønnen hans Cristian IV bare 11 år gammel.

Nominaler: Hvid

Myntsteder: Bergen